วิเคราะห์เงื่อนไขพื้นฐานของความขัดแย้ง
จากการศึกษาวิเคราะห์ปัญหาความขัดแย้งในจังหวัดชายแดนภาคใต้จากอดีตมาถึงปัจจุบัน สามารถ สรุปเงื่อนไขพื้นฐานของความขัดแย้ง ได้ดังนี้ 
๑) เงื่อนไขพื้นฐานทางด้านวัฒนธรรมสังคมที่เป็นอัตลักษณ์ของพื้นที่ ซึ่งเกี่ยวข้องกับชาติพันธุ์ ศาสนา ภาษา และประวัติศาสตร์ของพื้นที่ ได้ถูกนำไปปลุกปั่นเพื่อปลูกฝังความคิดและความเชื่อที่ผิดๆรวมทั้งสร้างความรู้สึกแปลกแยกในหมู่ประชาชน
๒) เงื่อนไขพื้นฐานทางด้านการเมืองการปกครองซึ่งเกี่ยวข้องกับการใช้อำนาจรัฐที่ขัดแย้งกับวิถีชีวิตของคนในพื้นที่ พฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของเจ้าหน้าที่ และความไม่เป็นธรรมของกระบวนการยุติธรรม ทำให้เจ้าหน้าที่เข้าไม่ถึงประชาชน และไม่สามารถเป็นที่พึ่งของประชาชนได้ ส่งผลให้ประชาชนไม่ให้ความร่วมมือกับภาครัฐ
๓) เงื่อนไขพื้นฐานทางด้านการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมที่ก่อให้เกิดความเหลื่อมล้ำกับพื้นที่อื่น เนื่องจากระบบเศรษฐกิจในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ไม่เข้มแข็ง และกระจายผลการพัฒนาอย่างไม่เป็นธรรม ทำให้เกิดปัญหาการว่างงาน และความยากจนค่อนข้างมาก รวมทั้งคุณภาพชีวิตของประชาชนอยู่ในเกณฑ์ต่ำ โดยเฉพาะด้านการศึกษาและสาธารณสุข
นอกจากนี้ ยังมีเงื่อนไขที่หล่อเลี้ยงปัญหาความไม่สงบในพื้นที่ให้ยังคงดำรงอยู่จนถึงปัจจุบัน ได้แก่ นโยบายการแก้ปัญหาที่ไม่สอดคล้อง กับความต้องการของประชาชน และขาดการมีส่วนร่วมในการแก้ปัญหา การปฏิบัติของเจ้าหน้าที่ ที่ใช้ความรุนแรงต่อประชาชน การสนับสนุนจากต่างประเทศ ตลอดทั้งการปฏิบัติของกลุ่มผู้มีอิทธิพลค้าของเถื่อน และยาเสพติดที่มีแนวโน้มมีความรุนแรงสูงในพื้นที่ เงื่อนไขต่าง ๆ ดังกล่าวนี้ ถูกนำมาขยายผลต่อเติมเสริมแต่ง หรือแม้แต่ถูกสร้างขึ้นมาใหม่ในรูปของข่าวลือ การบิดเบือนหลักศาสนาโดยกลุ่มขบวนการก่อความไม่สงบเพื่อจุดประสงค์ในการสร้างแนวร่วมและสร้างความเกลียดชังต่อเจ้าหน้าที่รัฐ และเมื่อผสมผสานกับความเชื่อที่เจ็บปวดจากประวัติศาสตร์ในอดีตที่สะสมความรับรู้มาจนถึงปัจจุบัน จึงเป็นปัจจัยที่หล่อเลี้ยงความรุนแรงในพื้นที่อย่างต่อเนื่อง
เงื่อนไขความขัดแย้งในประวัติศาสตร์
ภูมิหลังของขบวนการต่อต้านอำนาจรัฐ หรือสมัยหนึ่งที่ทางราชการเคยเรียกว่า ขบวนการแบ่งแยกดินแดน หรือขบวนการโจรก่อการร้าย หรือกลุ่มก่อความไม่สงบ ที่รู้จักกันในปัจจุบัน แท้จริงแล้วมีความเป็นมาที่ยาวนานคู่กับประวัติศาสตร์การเมืองการปกครองของไทย ที่สำคัญคือ ได้มีนักวิชาการด้านความมั่นคงจำนวนมากเชื่อมั่นว่าภูมิหลังทางประวัติศาสตร์ของรัฐปัตตานีในอดีตคือพลัง ๑ ใน ๓ ส่วนของพลังแห่งอุดมการณ์การต่อสู้ของขบวนการแบ่งแยกดินแดนรุ่นใหม่ที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ซึ่งมีข้อมูล ภูมิหลังประวัติศาสตร์ความขัดแย้งในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยสังเขปนับตั้งแต่อดีตถึงปัจจุบัน กล่าวคือ
การเข้าใจประวัติศาสตร์ปัตตานีเพื่อนำไปสู่การพัฒนานโยบายและยุทธศาสตร์ การแก้ปัญหาคามมั่นคงของชาตินั้นจะต้องอยู่บนพื้นฐาน ของเหตุผล และความเป็นกลาง จุดเริ่มต้น
จึงอยู่ที่การตั้งกรอบคิดที่เป็นกลาง และตามมาด้วยการตั้งสมมุติฐานที่สอดคล้องกับความเป็นจริงทางสังคม ที่สู้กันอยู่ตลอดเวลา จนนำไปสู่ความขัดแย้ง และเกิดปัญหาความแตกต่าง ในความเข้าใจของคนปัจจุบัน นักประวัติศาสตร์ มองว่า การที่มีความเชื่อว่าหัวเมืองมลายูภาคใต้ เป็นดินแดนของใครมาก่อน ไม่อาจจะเข้าใจรากเหง้าที่แท้จริงของปัญหา ในปัจจุบันที่เกิดจากอดีตได้ เนื่องจากการมองแบบดังกล่าวอาศัยฐานคิดว่าด้วยรัฐชาติสมัยใหม่ที่เน้นว่า ประเทศชาติต้องมีเอกลักษณ์และเอกภาพหนึ่งเดียว ในขณะเดียวกันก็เชื่อว่า เอกลักษณ์ และเอกภาพดังกล่าวเป็นสิ่งที่สืบเนื่องมาจากอดีตอันยาวนาน ในประวัติศาสตร์ แต่ความเป็นจริงก็คือ เอกลักษณ์ของชาติ ในรัฐชาติสมัยใหม่นี้เป็นสิ่งที่เพิ่งเกิดขึ้นมาเมื่อประมาณ ๑๐๐ ปีที่ผ่านมา ประเทศและรัฐในปัจจุบันก็เป็นผลผลิตของกระบวนการทางการเมือง ในประวัติศาสตร์ที่ถูกสร้างขึ้นมาในช่วงเวลาประมาณ ๑๐๐ กว่าปีที่ผ่านมาเท่านั้น จึงไม่ควรเอาบริบทของสิ่งที่เกิดขึ้นใหม่มาตีความอดีตที่เกิดขึ้นนานนับร้อยนับพันปีได้
ประเด็นที่ควรพิจารณาก็คือ ประวัติศาสตร์การกำเนิดของรัฐชาติสมัยใหม่ รวมทั้งไทยก่อตัวขึ้นในช่วงเวลาที่มีปัญหาความสัมพันธ์ระหว่างระบบอำนาจในดินแดนต่าง ๆ สถานการณ์ดังกล่าวมีความสัมพันธ์ระหว่างระบบอำนาจแบบไม่เท่าเทียมกันระหว่างศูนย์อำนาจใหญ่น้อย "ซึ่งต่างก็ไม่มีขอบเขตดินแดนที่แน่นอน" ความสัมพันธ์ระหว่างกัน ในขณะนั้นก็ไม่แน่นอนตามไปด้วย ขึ้นอยู่กับว่าท้องถิ่นใดเข้มแข้งมากกว่ากัน ปัญหาในอดีต จึงมิใช่ความสัมพันธ์ระหว่างรัฐ ส่วนกลางกับท้องถิ่นหรือชายขอบ แต่เป็นเรื่องที่ว่าท้องถิ่นใดแข็งและมีพลังอำนาจมากกว่าท้องถิ่นอื่น และท้องถิ่นทั้งสองฝ่ายหรือหลายฝ่ายมีความสัมพันธ์ต่อกันอย่างไร ในแต่ละช่วงเวลา การศึกษาเพื่อวิเคราะห์ความจริงในอดีตจึงต้องอาศัยการยึดถือ "ความเป็นจริง" ของท้องถิ่นเป็นศูนย์กลาง จึงจะเห็นภาพอดีตได้อย่างชัดเจนและนำมาสู่ ความเข้าใจการต่อสู้ และความขัดแย้งที่สืบเนืองมาถึงในปัจจุบันได้อย่างถูกต้องและไร้ความลำเอียง
เมื่อทำความเข้าใจอดีตโดยใช้ท้องถิ่นเป็นศูนย์กลาง สิ่งที่ตามมาในการทำความเข้าใจการเมือง ของคาบสมุทรมลายูก็คือต้องเข้าใจว่า มีความสัมพันธ์ระหว่างรัฐไทยกับรัฐปัตตานีในอดีตเกิดขึ้น รัฐไทยหรือสยาม คือราชอาณาจักรสยามที่มีกรุงศรีอยุธยาหรืกรุงเทพเป็นศูนย์กลางในดินแดนกลุ่มน้ำเจ้าพระยา ส่วนรัฐปัตตานีนั้น เป็นรูปแบบโครงสร้างทางการเมือง แบบที่ เรียกว่ารัฐสุลต่านปาตานี ความสัมพันธ์และการต่อสู้ทางอำนาจในภูมิภาคคาบสมุทรมลายูของหน่วยการเมืองทั้งสองแบบเกิดขึ้นในห้วงเวลาอันยาวนาน อย่างน้อยที่สุดเท่าที่มีเอกสารบันทึกไว้ตั้งแต่ศตวรรษที่ ๑๖ ถ้าสังเกตจากประวัติศาสตร์ท้องถิ่นปัตตานี ความสัมพันธ์ระหว่างอำนาจทางการเมืองทั้งสอง จนกระทั่งก่อนศตวรรษที่ ๑๙ ก็ปรากฏให้เห็นชัดใน ๒ ลักษณะใหญ่ ๆ คือ การให้บรรณาการและการทำสงครามระหว่างกัน การให้เครื่องราชบรรณาการจากปัตตานี และสยามส่งกำลังมารบเพื่อโจมตีปัตตานี เว้นแต่ครั้งแรก ในช่วงที่ฝ่ายปัตตานียกกำลังไปโจมตีกรุงศรีอยุธยา ในขณะที่ฝ่ายสยามกำลังรบกับกองทัพพม่า ลักษณะพิเศษของความสัมพันธ์ระหว่างปัตตานีกับสยามก่อนศตวรรษที่ ๑๙ ดังกล่าว จบลงด้วยการสูญเสียของอำนาจสุลต่านปัตตานีแก่รัฐสยามในปี พ.ศ. ๒๓๒๘ (ผ่านช่วงภายหลังการสร้างกรุงรัตนโกสินทร์มาได้ ๓ ปี) หลังจากนั้นความสัมพันธ์ก็เปลี่ยนไปเป็นรูปการปกครองแบบหัวเมืองชั้นนอก กับศูนย์กลางคือกรุงเทพ แต่การต่อสู้ในลักษณะสงคราม และการก่อการกบฏลุกขึ้นสู้ก็ยังเป็นรูปแบบความสัมพันธ์ที่เกิดขึ้น จนกระทั่งเกิดการบูรณาการของรัฐไทยให้เป็นรัฐชาติสมัยใหม่ในสมัยรัชกาลที่ ๕ และปรับปรุงนโยบายการบริหารให้เหมาะสมกับยุคสมัยจากรัชกาลที่ ๖ - รัชกาลปัจจุบัน ส่งผลให้สัมพันธภาพทางอำนาจเปลี่ยนแปลงมาจนถึงปัจจุบัน
สรุปภาพรวมฃ
จากสถานการณ์ความขัดแย้งในอดีตระหว่างรัฐกับประชาชน ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีผลต่อภาพลักษณ์ของข้าราชการ ในสายตาประชาชนมุสลิมท้องถิ่น โดยเฉพาะข้าราชการตำรวจและฝ่ายปกครอง ซึ่งแม้ว่าวิกฤตการณ์ครั้งนั้น จะผ่านพ้นไปแล้ว แต่ความรู้สึกไม่พอใจและภาพลักษณ์ ดังกล่าว ก็คงมีอยู่ในหมู่ชาวมลายูมุสลิมทางภาคใต้เสมอ จนส่งผล ให้มีความไม่สงบเกิดขึ้นเป็นครั้งคราว โดยตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๐๐ การก่อความไม่สงบในภาคใต้ก็คงเป็นการปฏิวัติ เชิงรัฐศาสตร์ ที่ต้องการแยกตัวเป็นอิสระ ขณะที่รัฐบาลไทย กำลังมุ่งเน้นการเอาชนะ การขยายอิทธิพลของพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย และด้วยการปราบปรามอย่างรุนแรง คู่ขนาน กับการทำงานจิตวิทยามวลชน ทำให้เหตุการณ์วิกฤตภาคใต้เริ่มสงบลงในช่วง พ.ศ. ๒๕๒๕ แต่ก็เป็นเพียงช่วงสั้น ๆ เท่านั้น
จากผลการศึกษารายงานการวิจัยและรายงานการศึกษาปัญหาของคณะทำงานต่าง ๆ ความเห็นของผู้ทรงคุณวุฒิ นักวิชาการ และเจ้าหน้าที่หน่วยงานความมั่นคง ที่มีต่อสภาพปัญหาในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ทั้งในอดีตและปัจจุบัน ทำให้ทราบว่าปัญหาที่เกิดขึ้นและดำรงอยู่นั้นมีหลายประการ ได้แก่ ปัญหาการเมืองการปกครอง การศึกษา การต่างประเทศ เศรษฐกิจ ยาเสพติด การแย่งชิง ผลประโยชน์ของกลุ่มการเมือง การปฏิบัติที่ไม่เป็นธรรมต่อประชาชน ของเจ้าหน้าที่รัฐบางส่วน ความล้มเหลวของการนำนโยบายไปปฏิบัติ การกำหนดนโยบายและโครงการต่าง ๆ ที่ไม่สอดคล้องกับความต้องการของท้องถิ่น การขัดแย้งกันเองของเจ้าหน้าที่ การค้าของเถื่อน การประพฤติมิชอบในวงราชการ การเคลื่อนไหวต่อสู้กับอำนาจรัฐของขบวนการแบ่งแยกดินแดน การไม่ยอมรับความหลากหลายทาง วัฒนธรรมปั ญหาทางด้านสังคมจิ ตวิทยา กระแสการเมือง ระดับสากลที่ส่งผล สะเทือนต่อเจตคติของประชาชนบางกลุ่มในประเทศ เช่น การปฏิวัติอิสลาม การปฏิเสธโลกาภิวัตน์ ปัจจัยด้านประวัติศาสตร์ปัตตานี ผลพวงจากนโยบายที่ผิดพลาดของรัฐในอดีต ความต้องการปกป้องอัตลักษณ์ของคนเชื้อสายมลายู ตลอดถึงความผิดพลาดเชิงนโยบายของรัฐบาลที่ตัดสินใจยุบเลิกหน่วยงานสำคัญที่ยังจำเป็นต่อภารกิจด้านความมั่นคง อันได้แก่ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) กองบัญชาการผสมพลเรือนตำรวจทหารที่ ๔๓ (พตท.๔๓) และเขตการศึกษา ๒
แม้ผลการศึกษาจะพบว่ามีปัญหาหลายประการทับซ้อนกันอยู่ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ จนยากที่จะสังเกตแยกแยะได้ว่าอะไรเป็นปัญหาหลักที่มีอิทธิพลต่อปัญหาอื่น ๆ แต่เมื่อกำหนดให้สถานการณ์ความไม่สงบเป็นโจทย์แล้วหาคำตอบว่าอะไรคือปัญหาใจกลางของสถานการณ์ การค้นหาคำตอบดังกล่าวผู้มีหน้าที่เกี่ยวข้องต้องมีความคิดจิตใจที่เป็นกลางศึกษาพิจารณาปรากฏการณ์ และหลักฐานเชิงประจักษ์อย่างรอบคอบ ไม่โน้มเอียง ไปกับความรู้สึกและประสบการณ์เดิมใด ๆ ของตน ผู้ศึกษาก็จะค่อย ๆ มองเห็นภาพความจริงของสถานการณ์ความไม่สงบอย่างชัดเจนได้ โดยอาศัยหลักการพิจารณาข้อมูล รายงานการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และรายงานการสอบสวนขยายผล ของเจ้าหน้าที่ภาคสนาม จากคำให้การของประชาชนผู้ประสบเหตุรุนแรงโดยตรง ตลอดถึงคำรับสารภาพของสมาชิกกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบที่ดังกล่าว ทำให้ทราบว่า "ผู้ก่อความไม่สงบที่แท้จริงขณะนี้ คือ ขบวนการแบ่งแยกดินแดนที่มีกลุ่ม B.R.N. Co-ordinate เป็นแกนนำ ฉะนั้นคำตอบต่อโจทย์ข้างต้นคือ ขบวนการแบ่งแยกดินแดน เป็นปัญหาใจกลางของสถานการณ์ความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ส่วนปัญหาอื่น ๆ เป็นเพียงปัจจัยรองและปัจจัยเสริมของปัญหาการเคลื่อนไหวต่อสู้กับอำนาจรัฐของขบวนการแบ่งแยกดินแดนเท่านั้น"
